El debat de les relacions entre Estat i església va provocar també acalorat debats i finalment la primera divisió en la coalició governamental: Alcalá Zamora i Maura van dimitir en desacord amb el dictamen aprovat, que consideraven massa perjudicial per a l’església catòlica.
La qüestió religiosa va ser el principal element de desacord ideològic en la República. Al clericalisme oficial de la monarquia i al pes que havia aconseguir l’església i el catolicisme en la societat, gràcies a la protecció i privilegis oficials, s’oposava el laïcisme republicà que partia de la llibertat ideològica i de la declaració de que “l’Estat no té religió oficial”, per a assignar a l’Estat la funció educadora de la República.
La desigualtat social i la identificació de l’església amb les institucions oligàrquiques va provocar que fora objecte de les ires populars i que patiren accions violentes, com ara la crema de convents de primers de maig de 1931, després de la pastoral del cardenal Segura i d’una puntual manifestació de reafirmació monàrquica lligada al diari ABC.